【記者盧世光/綜合報導】周刊報導，中科院堪稱台灣國防自主研發大本營，近年竟有36家得標廠商的董監事與該院員工互為親屬，恐衍生弊端。由於中科院人事複雜，不少「皇親國戚」安插在院內占爽缺，連離職人員也在外開公司成為軍火商，蠶食國防大餅，成為國軍戰力提升的一大隱憂。一名資深員工因看不下去向國防部長邱國正及周刊檢舉爆料，指中科院有重大人事弊端，包括潛藏現職員工利益衝突、人才遴選任用公信力不足，以及欠缺離職員工旋轉門機制等三大風險。
爆料人士說，綜觀2014年至前年，中科院36家得標廠商的董監事人員，居然與該院35名現職員工互為配偶或屬於一等親的親屬關係，其中三人擔任主管、審核及採購等重要職務，所涉利益衝突可能性高，進一步分析這些員工的進用情形，高達26人是該院7年前轉為行政法人後才獲聘用，其餘九人則在中科院仍為公務機關時期即已任用，顯見轉型後才出現較多得標廠商的利害關係人，成為防貪的一大破口。
第二項人事弊端是中科院員工親屬關係複雜，全院共計657組家戶組合、1,372人彼此互為配偶或具有二親等以內的關係，約占2020年底1萬1,542名現職員工的11.89％，其中101組的家戶組合，至少有一位成員擔任主管職務，主管職的家戶組合人數計212人，不免有利用權勢挾帶自己人占肥缺之嫌，讓中科院成為近親繁殖的機關。
第三項人事問題是欠缺離職員工旋轉門機制，依照《民法》及《公司法》等相關法規，均針對經理人或董事身分人員，訂有競業禁止規定，公務人員也有旋轉門條款，就連一般民間企業也多與員工訂立類似條款，以防止員工離職一定時間內至相關行業任職，利用職務所得資訊、技術或人脈而為不公平競爭行為，導致原雇主利益受損。
有關中科院遭爆料涉及人事管理及招標案件等弊端，中科院發布新聞稿表示:
一、本院人才招募，均採公開及專案遴選等方式，秉公正、
二、本院在國會指導下，已於110年12月23日訂定「
三、中科院採購均依設置條例，採公平公開方式辦理，
